Pacjent zostaje wprowadzony do specjalnego pomieszczenia przez osobę z personelu pracowni i poproszony o położenie się na wygodnym stole do badania, który następnie zostanie wsunięty do aparatu skanującego ciało pacjenta.
Personel medyczny obsługuje skaner i monitoruje badanie z sąsiedniego pomieszczenia oddzielonego szybą.
Badanie jest bezbolesne, zdarza się, że pacjenci mogą mieć nieprzyjemne odczucia związane z podaniem środka kontrastowego, ale nie jest to regułą. Nad pacjentem czuwa technik, lekarz i pielęgniarka, a ewentualne polecenia wydawane są przez mikrofon.
Większość badań MR trwa od 15 do 45 minut, w zależności od badanego obszaru oraz niezbędnej ilości uzyskiwanych obrazów, choć czasem badanie może trwać 60 minut i dłużej. Bardzo ważne dla pacjenta jest pozostanie w bezruchu w trakcie wykonywania badań.